Holbox se encuentra entre el Golfo de México y el Mar del Caribe. Localizada al noreste de Cancún, en la punta de la Península de Yucatán.

Desde Cancún:
En autobús, desde la estación central (Av. Tulúm esq. Av. Uxmal) debe de tomar el autobús con dirección Chiquila, que sale a los siguientes horarios: 08.00 a.m., 12.30 pm, 13.30 pm. Horas de viaje: 3 hr. Boletos: 6 Usd.

En automóvil, seguir las indicaciones para Mérida Libre y con cuota. Después 70 Km. al cruce con "El Ideal" se encuentran indicaciones para "Kantunilkin-Holbox." Seguir hasta el muelle de Chiquila. - Horas de Viaje: 2 y media.

De Chiquila:
En Chiquila: cada hora sale el ferry para Holbox. Tiempo: 20 Min. Precio: 3 Usd.